Add config/hparams.yaml

config/hparams.yaml

@@ -0,0 +1,2103 @@
+input_dim: 2001
+hidden_dim: 336
+output_dim: 2001
+pert_dim: 12731
+batch_dim: 4
+dropout: 0.1
+lr: 0.001
+loss_fn: mse
+control_pert: NTC
+embed_key: X_hvg
+output_space: gene
+gene_names:
+- PuroR
+- CYP51A1
+- CD99
+- CFLAR
+- POLDIP2
+- CD38
+- FKBP4
+- NDUFAB1
+- TSPOAP1
+- WDR54
+- KMT2E
+- ITGAL
+- KDM7A
+- AGK
+- PHTF2
+- IFRD1
+- PRSS21
+- CCDC124
+- BLTP2
+- TSR3
+- JARID2
+- ST3GAL1
+- MMP25
+- IL32
+- UBE3C
+- TRAF3IP3
+- CD9
+- NCAPD2
+- CD4
+- FYN
+- ZBTB32
+- KDM5D
+- PSMC4
+- SLC25A39
+- CLK1
+- CD6
+- TACC3
+- SLC30A9
+- CCDC88C
+- XYLT2
+- SLC38A5
+- TTC27
+- CD74
+- RUNX3
+- SERPINB1
+- NLRP2
+- GRAMD1B
+- BIRC3
+- STRAP
+- PLEKHO1
+- GCLM
+- DEPDC1
+- TYMP
+- TOMM34
+- VIM
+- FAS
+- CD44
+- SLAMF7
+- SH2D2A
+- TNFRSF1B
+- BMAL2
+- PNPLA6
+- ABCF2
+- FUT8
+- GAB2
+- SLC4A7
+- TMSB10
+- RNF19A
+- FAM136A
+- DEPDC1B
+- STAP1
+- RFC1
+- NSUN2
+- STAU2
+- INPP4A
+- PSMA4
+- CAPG
+- LCP2
+- CTNNA1
+- HSPA5
+- ATOSA
+- WWC3
+- NOP16
+- UTS2
+- TNFRSF9
+- RCN1
+- CLPTM1L
+- FOXP3
+- LIMA1
+- HERPUD1
+- CYBA
+- HEBP2
+- MPHOSPH9
+- MSMO1
+- MRTO4
+- PHPT1
+- KIF1B
+- SYNE2
+- ATP9A
+- EIF2AK2
+- TRAF1
+- IL17RB
+- SOAT1
+- PRDM1
+- SEC61A1
+- ATP2B4
+- NDC1
+- PARP12
+- ALDH18A1
+- TARBP1
+- SLC2A3
+- CTDP1
+- YBX3
+- GNA15
+- SNRNP40
+- BCAT1
+- HDAC7
+- VMP1
+- CASP8
+- INTS13
+- TM7SF3
+- HIPK2
+- CNN2
+- WDR3
+- WDR18
+- MCM10
+- DGKA
+- ZC3H15
+- FAM107B
+- MTHFD2
+- PDE4A
+- SMARCD1
+- ASPM
+- DDX3Y
+- PFKP
+- IDI1
+- KLF6
+- PLPP1
+- TRAM1
+- PKM
+- RASSF1
+- IFI35
+- ACSL4
+- PRR11
+- POLR1A
+- KIF2A
+- ERLEC1
+- MAST4
+- BCL3
+- CLEC2D
+- RORA
+- TGFBR3
+- MAPK6
+- RAB27A
+- NUCB2
+- DAPP1
+- WIPI1
+- AP3M2
+- EIF2B3
+- TCOF1
+- MAP4K4
+- MGAT4A
+- BUD23
+- TRIP13
+- FAM50A
+- ACTN1
+- TFRC
+- SREBF1
+- SMC1A
+- HSD17B10
+- HMMR
+- P4HA2
+- NFATC3
+- ACADVL
+- STK10
+- ACAP1
+- NDE1
+- MCM2
+- GSDMB
+- PTGS2
+- MAP3K13
+- ST6GAL1
+- TBX21
+- PICALM
+- EED
+- ATP2A3
+- BCS1L
+- LMAN1
+- ENO1
+- MYDGF
+- TUBE1
+- ACAT1
+- FNDC3B
+- FOSL2
+- RAB7A
+- ARHGAP15
+- MCM6
+- SPAG5
+- TRAF4
+- PAG1
+- ICAM3
+- UBE2T
+- FGFR1
+- CST7
+- TIGAR
+- P2RY10
+- ITM2A
+- SP140
+- FDFT1
+- KIF22
+- PGM1
+- DDX1
+- EPB41L2
+- SMARCA2
+- SESN1
+- CPOX
+- CLDND1
+- HSP90AA1
+- DLGAP4
+- IGSF9B
+- NDC80
+- ARG2
+- PTPRC
+- STK17B
+- CDC14B
+- AACS
+- IL12RB2
+- FYB1
+- ME2
+- NFE2L1
+- P2RX5
+- OXCT1
+- CYLD
+- SMAP2
+- GSTP1
+- HADHA
+- CD59
+- CD82
+- AK6
+- SEH1L
+- MTIF2
+- MGST2
+- DNAJA1
+- B4GALT1
+- CHMP5
+- DIMT1
+- IPO11
+- SNX10
+- LAT2
+- HUWE1
+- PPP1R15A
+- FTL
+- SRRT
+- BAX
+- OGFOD1
+- NOP14
+- RTRAF
+- AURKA
+- PIR
+- DDX18
+- KHSRP
+- TPX2
+- DOCK9
+- ANKRD10
+- SMOX
+- TESC
+- SNX5
+- OAS1
+- PEBP1
+- ERP29
+- FXYD5
+- BIRC5
+- LAG3
+- ZBTB25
+- RGS1
+- YPEL3
+- NUDC
+- ICAM1
+- DNAJB11
+- PUS7
+- CMTM6
+- FH
+- SEL1L3
+- NLRP1
+- CD200
+- PSME1
+- WDR76
+- PHGDH
+- CLSPN
+- RFFL
+- DPYSL2
+- ADA2
+- CDC6
+- UPRT
+- SH2D3C
+- CREM
+- FKBP5
+- SRPK1
+- HSP90AB1
+- HNRNPH3
+- JAK2
+- SCD
+- ABLIM1
+- HNRNPM
+- TIMM13
+- MKNK2
+- OSM
+- PES1
+- MAPK1
+- CYTH4
+- MFNG
+- GRK3
+- LGALS1
+- EIF3L
+- SNU13
+- DDX17
+- TOMM22
+- XBP1
+- RTCB
+- SUN2
+- MCM5
+- APOBEC3H
+- TTLL12
+- GRAP2
+- NCF4
+- CSF2RB
+- IL2RB
+- RANGAP1
+- PHF5A
+- POLR3H
+- DESI1
+- GZMB
+- GNPNAT1
+- DDHD1
+- PSMA3
+- AHSA1
+- RIN3
+- LGMN
+- EIF5
+- MTHFD1
+- PSMB5
+- CCNB1IP1
+- APEX1
+- DHRS2
+- PCK2
+- NFKBIA
+- MYBL2
+- NFATC2
+- PFDN4
+- DOK5
+- TPD52L2
+- NELFCD
+- PRELID3B
+- PSMA7
+- CDC25B
+- TRIB3
+- RASSF2
+- SAMHD1
+- NOP56
+- E2F1
+- AHCY
+- PPP1R16B
+- USP14
+- LPIN2
+- MYL12A
+- RNF125
+- MIB1
+- RIOK3
+- PGRMC1
+- ALG13
+- PLS3
+- NAA10
+- PIM2
+- PGK1
+- SMS
+- PHEX
+- CD40LG
+- TIMP1
+- MAGED2
+- RBM3
+- NDFIP2
+- ACP5
+- DNAJC3
+- PARP4
+- KPNA3
+- FLT1
+- RGCC
+- HSF4
+- LYRM1
+- NUTF2
+- NUP93
+- PSMD7
+- COTL1
+- NME4
+- SLC7A5
+- DNAJA3
+- RBL2
+- PYCARD
+- BCKDK
+- IL21R
+- CCP110
+- VPS35L
+- CTSH
+- FAH
+- HOMER2
+- EHD4
+- ATP8B4
+- GABPB1
+- EIF3J
+- MYEF2
+- BPNT2
+- LAPTM4B
+- IKBKB
+- NCALD
+- UBR5
+- GSDMD
+- GFUS
+- ERI1
+- SLC39A14
+- GSR
+- MCM4
+- BNIP3L
+- KCNN4
+- NUCB1
+- GYS1
+- ECH1
+- DOT1L
+- CD37
+- IL4I1
+- TIMM44
+- ASF1B
+- RASAL3
+- TIMM50
+- FBL
+- GPI
+- EBI3
+- SLC1A5
+- FZR1
+- BBC3
+- DENND3
+- PLIN3
+- NOP53
+- NKG7
+- ETFB
+- RABAC1
+- GRWD1
+- PRPF31
+- KXD1
+- ETHE1
+- CDK6
+- NAMPT
+- PIK3CG
+- HBP1
+- ZC3HAV1
+- TAX1BP1
+- GARS1
+- HSPB1
+- BUD31
+- EIF3B
+- AIMP2
+- EZH2
+- AHR
+- CHCHD3
+- GIMAP2
+- SPIN1
+- NMRK1
+- TRIM14
+- TGFBR1
+- SEC61B
+- AKNA
+- KDM4C
+- DOCK8
+- BAG1
+- NPDC1
+- ABCA2
+- GATA3
+- MAPK8
+- VSIR
+- SPOCK2
+- SFXN3
+- NPM3
+- GTPBP4
+- BCCIP
+- SH3PXD2A
+- PITRM1
+- MAP3K8
+- GLRX3
+- TFAM
+- CCDC6
+- UBE2S
+- DNAJC12
+- PPIF
+- PSMD3
+- DHX40
+- KPNB1
+- C1QBP
+- CCDC47
+- SYNGR2
+- UTP6
+- CYTH1
+- PSMD11
+- CCL1
+- DHX58
+- PPP1R9B
+- LRRC59
+- EFTUD2
+- HLF
+- YWHAE
+- MMD
+- WSB1
+- ALDOC
+- RAB34
+- TMEM33
+- CHIC2
+- ZNF330
+- KLHL2
+- IL2
+- GRPEL1
+- GAR1
+- MFSD10
+- KLHL5
+- NCAPG
+- UGDH
+- HTATIP2
+- CTSC
+- ZBTB16
+- HSPA8
+- LPXN
+- PRPF19
+- TMEM109
+- CHORDC1
+- IL10RA
+- CD5
+- AIP
+- POU2AF1
+- PPFIBP1
+- CD69
+- CLEC2B
+- SELPLG
+- BIN2
+- IL23A
+- ATP5F1B
+- METAP2
+- LTA4H
+- GPN3
+- DUSP16
+- CDKN1B
+- CDK2AP1
+- OAS3
+- OAS2
+- GTF2H3
+- VDR
+- STX2
+- IL26
+- IFNG
+- MDM1
+- KRR1
+- NOP2
+- CDCA3
+- CHPT1
+- GNPTAB
+- ENO2
+- ATN1
+- C12orf57
+- PTPN6
+- GOLT1B
+- TMEM14C
+- PAK1IP1
+- ADTRP
+- ASF1A
+- HDDC2
+- RIPOR2
+- SRSF3
+- MCM3
+- BAG2
+- CRYBG1
+- SMAP1
+- GMNN
+- TRIM38
+- PERP
+- HECA
+- CUTA
+- CCND3
+- BYSL
+- VEGFA
+- HMGCS1
+- KIF20A
+- HSPA9
+- HBEGF
+- HMGCR
+- ITK
+- ARSB
+- CCNG1
+- ARRDC3
+- LNPEP
+- PDE4D
+- BRIX1
+- SLC12A7
+- IL4
+- RAD50
+- IL5
+- ST8SIA4
+- GNPDA1
+- NR3C1
+- SEC24A
+- TXNDC15
+- ATP6V0E1
+- STC2
+- HRH2
+- SELENOK
+- TIMMDC1
+- BCL6
+- FAM162A
+- PCCB
+- XRN1
+- KAT2B
+- PDCD10
+- PFKFB4
+- ECT2
+- C3orf14
+- CBLB
+- IFT57
+- GNB4
+- GBE1
+- FRMD4B
+- CISH
+- RRP9
+- SSR3
+- FOXP1
+- EIF4G1
+- IL1A
+- PIKFYVE
+- NCL
+- ACTR1B
+- CENPA
+- CYTIP
+- ITGA4
+- PPM1G
+- IFIH1
+- WDR75
+- STAT1
+- CCT4
+- GNLY
+- ST3GAL5
+- HSPE1
+- KDM3A
+- IL18R1
+- UXS1
+- ABCB6
+- ID2
+- ODC1
+- CEBPZ
+- DARS1
+- SLC1A4
+- SOS1
+- WIPF1
+- PNO1
+- AAK1
+- EPAS1
+- MSH6
+- FARSB
+- DHCR24
+- ICMT
+- WDR77
+- RAP1A
+- RNF19B
+- SFPQ
+- SRM
+- C1orf21
+- IVNS1ABP
+- MIIP
+- PLA2G4A
+- GADD45A
+- UCHL5
+- CTH
+- CRYZ
+- ZBTB17
+- CD58
+- CD2
+- KIF21B
+- LGALS8
+- SLAMF1
+- CD48
+- SDHB
+- KDM5B
+- UAP1
+- CTBS
+- GBP3
+- GBP1
+- ECE1
+- HMGCL
+- SLC2A1
+- EBNA1BP2
+- CDC20
+- ATP6V0B
+- PRDX1
+- VAMP4
+- DPH5
+- FASLG
+- STMN1
+- NEK2
+- CENPF
+- ESYT2
+- CTSD
+- KIF14
+- FASTKD2
+- NRP2
+- IRAG2
+- HMGN3
+- TNFAIP3
+- MYB
+- SGK1
+- CCNI
+- CCND2
+- ELL2
+- ITGB1BP1
+- HEATR1
+- CTNNAL1
+- SET
+- NEK6
+- NR4A3
+- KDSR
+- IFI27L2
+- SLIRP
+- YPEL5
+- FAM98A
+- IFIT3
+- IFIT2
+- MXI1
+- HELLS
+- DENND10
+- GOT1
+- MTHFD1L
+- ACAT2
+- TCP1
+- NUDCD1
+- MASTL
+- DNAJC15
+- UFM1
+- ELF1
+- HSPH1
+- EXOSC8
+- EGR1
+- SERP1
+- SOCS2
+- WASHC3
+- DUSP4
+- TNFRSF10B
+- PTK2B
+- TNFRSF8
+- RDH10
+- TRIM25
+- SCPEP1
+- SLC35B1
+- CD80
+- CCR2
+- TNFSF10
+- GPSM2
+- CXCR4
+- GTF3A
+- ANXA11
+- HYCC1
+- CALD1
+- SRGN
+- CISD1
+- EGR2
+- P4HA1
+- ZWINT
+- CIT
+- DDX54
+- CDKN2C
+- PRDX4
+- DDX39A
+- ADGRE5
+- NLN
+- OPTN
+- NR4A1
+- PDE1B
+- TUBA1B
+- HJURP
+- AMD1
+- NDUFAF4
+- NMI
+- BATF3
+- G0S2
+- RAB38
+- AGO2
+- CKS2
+- DNPEP
+- SDC4
+- NCOA3
+- PLCG1
+- CSE1L
+- PTGIS
+- IL9R
+- STAMBP
+- RRP36
+- SNRPC
+- SERPINB6
+- XPO5
+- H1-3
+- H1-1
+- CDKN1A
+- GLO1
+- RIOK1
+- NRN1
+- EEF1E1
+- RUNX2
+- LRRFIP1
+- AHNAK
+- MT2A
+- GOT2
+- TM9SF2
+- SEPTIN6
+- PTGER2
+- HS3ST3B1
+- MBOAT7
+- PPDPF
+- INSIG2
+- POLR1B
+- PSD4
+- CD70
+- TNFSF14
+- SNRPD2
+- VASP
+- PSMF1
+- DSTN
+- NCLN
+- ERGIC3
+- PLAGL2
+- KDM5C
+- PSMB2
+- IGFLR1
+- CCR7
+- PRMT1
+- TRAP1
+- IFI6
+- EMG1
+- DLGAP5
+- ZBTB1
+- EVI2A
+- CANX
+- HIVEP3
+- HELB
+- IL22
+- KLF2
+- KDM4B
+- TUBA4A
+- SRD5A3
+- PAICS
+- SDF2L1
+- ATF4
+- LIF
+- DNAJB9
+- MYO1B
+- MTX2
+- TWSG1
+- EIF2AK4
+- KNSTRN
+- DUT
+- CHAC1
+- CLN6
+- PALLD
+- DCTD
+- CD68
+- TXNDC17
+- SLC44A2
+- CDKN2D
+- EGLN3
+- MIS18BP1
+- REEP5
+- SEC14L1
+- ARHGEF6
+- CRACR2A
+- SAT1
+- TOMM40
+- BST2
+- LSM7
+- SNX9
+- AFDN
+- ARPC1B
+- JUND
+- LSP1
+- ADRM1
+- EIF2S3
+- ZC3H4
+- GMFG
+- SESN2
+- PPAN
+- DKC1
+- MPP1
+- NOL11
+- HABP4
+- RBM39
+- ACSS2
+- EMC8
+- GINS2
+- SH3BGRL
+- PRR7
+- NFATC1
+- ABCB7
+- RFTN1
+- SLC6A6
+- KIF3A
+- MGAT1
+- TUBG1
+- PSME3
+- NDFIP1
+- NINJ1
+- TOP2A
+- RARA
+- PDHA1
+- SELENOS
+- CHSY1
+- LGALS3
+- PPARG
+- TRIM22
+- IMMT
+- SCLY
+- XAF1
+- FLOT2
+- NIP7
+- PCNA
+- SERINC3
+- PATJ
+- POMP
+- ALOX5AP
+- MYH10
+- EPSTI1
+- CNDP2
+- WDR74
+- PLAAT4
+- CEP20
+- GIMAP4
+- BTG1
+- KRAS
+- LARS1
+- CCDC59
+- AMPD3
+- MICAL2
+- RRAS2
+- TTC9
+- EIF2S1
+- CCNB1
+- CAMK1
+- BHLHE40
+- GSTM3
+- FKBP11
+- SLC38A2
+- RSAD2
+- CMPK2
+- IAH1
+- TIMM17A
+- NARS1
+- RBM17
+- IL2RA
+- EMP1
+- CDCA8
+- TPGS2
+- SLC43A3
+- TIMM10
+- FADS2
+- CARS2
+- ETS1
+- NREP
+- WDR36
+- OSTF1
+- ANXA1
+- CEMIP2
+- PSAT1
+- ADAM19
+- HAVCR2
+- OASL
+- P2RX4
+- BICDL1
+- TMEM243
+- HILPDA
+- TES
+- MDFIC
+- MTO1
+- PRR5L
+- CDK4
+- TROAP
+- LTV1
+- AHI1
+- MICAL1
+- STX11
+- MDM2
+- KLHL36
+- EGLN1
+- NTPCR
+- GLUL
+- DHX9
+- NIBAN1
+- SP110
+- ITM2C
+- DNAJB2
+- ISCU
+- PWP1
+- SLC41A2
+- CKAP2
+- BORA
+- RCBTB2
+- AOAH
+- BZW2
+- TBRG4
+- DBNL
+- MYO1G
+- TM6SF1
+- CALCOCO2
+- ACTL6A
+- TANK
+- EPRS1
+- IL10
+- BIN1
+- IMP4
+- GYPC
+- STAM
+- NIBAN2
+- ARPC5L
+- ENPP2
+- DSCC1
+- MYC
+- SIT1
+- DENND4C
+- PPIL1
+- PIM1
+- IRF4
+- TCF19
+- IER3
+- NUMA1
+- SYTL2
+- TGS1
+- SDCBP
+- DDX60
+- SORL1
+- DCUN1D5
+- SQOR
+- NUSAP1
+- KIF23
+- RSL24D1
+- GCHFR
+- RABGGTB
+- IFI44L
+- IFI44
+- ADCY3
+- PNPT1
+- DYNC2LI1
+- CYP1B1
+- ACTR2
+- LRPPRC
+- MYOF
+- STAMBPL1
+- KIF11
+- DUSP5
+- CALHM2
+- ARL3
+- CEP55
+- KIF20B
+- ENTPD1
+- ATIC
+- STAT4
+- METTL5
+- WDR12
+- COX17
+- PARP9
+- PPCDC
+- SEMA7A
+- HERC3
+- HERC6
+- HERC5
+- SEC31A
+- GPAT3
+- IL21
+- SEPTIN11
+- CCNG2
+- CNOT6L
+- PPA2
+- CENPE
+- LEF1
+- PPP3CA
+- RGS3
+- PARVG
+- ETV6
+- KIF21A
+- CLSTN3
+- CD27
+- PHLDA1
+- DUSP6
+- SNRPF
+- NEDD1
+- NUP58
+- SLC7A1
+- NABP2
+- ITGB7
+- LPAR6
+- ESD
+- GPR65
+- WARS1
+- NIPA2
+- PSTPIP1
+- ETFA
+- BCL2A1
+- DNAJA4
+- HAPLN3
+- MCTP2
+- FURIN
+- ITGAX
+- CDR2
+- MAP1LC3B
+- MEAK7
+- IRF8
+- KSR1
+- TOB1
+- SKAP1
+- AFG3L2
+- GALNT1
+- ARRB2
+- PIK3R5
+- TP53
+- ARHGDIA
+- SLC16A3
+- EIF4A3
+- RNF157
+- WDR45B
+- TNFRSF11A
+- PMAIP1
+- NT5C3B
+- SAMD1
+- SLC39A3
+- ZIM3
+- DUS3L
+- IFITM3
+- IFNAR1
+- SOD1
+- APP
+- URB1
+- EMP3
+- GEMIN7
+- RNPEPL1
+- MYO1F
+- CARM1
+- PSMB6
+- RERE
+- EFHD2
+- SH3BGRL3
+- ZNF593
+- WDTC1
+- SERBP1
+- PRKACB
+- KIF2C
+- LMO4
+- PSMA5
+- CD53
+- CREG1
+- UCK2
+- MGST3
+- NUF2
+- PFDN2
+- RGS16
+- MCL1
+- DUSP10
+- JTB
+- RAB13
+- HAX1
+- ILF2
+- SCCPDH
+- LYST
+- SNAP47
+- SRP9
+- DEGS1
+- PYCR2
+- LBR
+- PTPN7
+- RHOB
+- GALM
+- ASXL2
+- RALB
+- SLC20A1
+- CDCA7
+- HSPD1
+- OSBPL10
+- CSRNP1
+- IQSEC1
+- ARL6IP5
+- NFKBIZ
+- SRPRB
+- MANF
+- EAF2
+- LYAR
+- ENOPH1
+- CAMK2D
+- TIFA
+- CCNA2
+- NDUFS6
+- GZMA
+- PIK3R1
+- TNFAIP8
+- ATG12
+- IL9
+- TIMD4
+- TNIP1
+- N4BP3
+- NHP2
+- PNRC1
+- ABRACL
+- CCT6A
+- PSPH
+- SH3KBP1
+- KDM6A
+- GPR174
+- NONO
+- EBP
+- IL2RG
+- PRPS1
+- DOK2
+- MTDH
+- POLR2K
+- VLDLR
+- SIGMAR1
+- STOM
+- SURF4
+- PTGES2
+- RPP30
+- ADD3
+- MKI67
+- PPRC1
+- SSRP1
+- PTPRJ
+- ZC3H12C
+- ATM
+- HYOU1
+- FADS1
+- INCENP
+- COMMD7
+- ARID5B
+- PDCD4
+- CD226
+- PRSS23
+- CCT5
+- DLAT
+- TIMM8B
+- SEC24D
+- RILPL2
+- ITPR1
+- SLC7A11
+- NGLY1
+- ANK3
+- EIF4E
+- TEX30
+- CDC123
+- SCLT1
+- QDPR
+- ADAM8
+- RNF144A
+- CENPU
+- ACSL1
+- GUF1
+- SETBP1
+- PSTPIP2
+- PDK1
+- PDE3B
+- JMY
+- NMT2
+- USP12
+- CCDC50
+- CAMK4
+- ZFP36L2
+- PELO
+- PRDM8
+- UTRN
+- PTPRK
+- SRP19
+- CENPH
+- CARHSP1
+- BCL2L11
+- CAST
+- CD96
+- RMND5A
+- RPIA
+- CFDP1
+- CMIP
+- CEBPG
+- MCOLN2
+- DGKE
+- MSI2
+- NUS1
+- ANKH
+- UBASH3B
+- GPR15
+- PITPNC1
+- PRKCA
+- TNIK
+- GBP5
+- BUB3
+- ATP5MC3
+- LY96
+- DPH3
+- SKA1
+- KLF10
+- GTF3C6
+- TTC39B
+- HSPA13
+- SAMSN1
+- C16orf87
+- RHOC
+- SLC16A1
+- NIFK
+- LARP1
+- CNOT8
+- ELMO1
+- SLA
+- CARNMT1
+- BATF
+- DCK
+- DRAM2
+- CCT8
+- TIAM1
+- HK1
+- CD109
+- UBE2L6
+- ZFAND3
+- NPTN
+- RAB11FIP1
+- ATAD2
+- FBXO32
+- MALSU1
+- EIF4A2
+- LRP8
+- CCNB2
+- MYO1E
+- TSC22D3
+- MX1
+- PALM2AKAP2
+- DGKI
+- PSMG3
+- SLC37A3
+- BABAM2
+- DUSP2
+- EIF5B
+- B4GALT5
+- COPG2
+- GPAT4
+- NBL1
+- F11R
+- CDC42SE2
+- CFAP298
+- IFNAR2
+- GART
+- RCAN1
+- RUNX1
+- CBR1
+- CBR3
+- PTMS
+- BTG2
+- HK2
+- NAE1
+- ADGRG5
+- PTGIR
+- CALM3
+- DFFA
+- MIX23
+- TMPRSS3
+- RRP1B
+- CSTB
+- RRP1
+- ITGB2
+- ST6GALNAC6
+- JAML
+- LMNA
+- GPATCH4
+- IER2
+- LY6E
+- SQSTM1
+- FDXR
+- SRSF2
+- ITGA5
+- LARP4
+- SPC24
+- SENP3
+- FGF11
+- EIF4A1
+- POLR3K
+- SNRNP25
+- CCNF
+- BEND5
+- AK4
+- JAK1
+- DHRS3
+- LAPTM5
+- GBP2
+- PEA15
+- ATF3
+- DENND2D
+- IER5
+- FCMR
+- CAPN2
+- REL
+- H3-3A
+- CDC42EP3
+- S100A11
+- ARHGAP25
+- ANTXR2
+- COL6A3
+- KBTBD8
+- EIF4E3
+- CCT3
+- SSR2
+- TGFBR2
+- ANKZF1
+- TRAT1
+- SGO2
+- PYHIN1
+- IFI16
+- AIM2
+- CTLA4
+- ICOS
+- RYBP
+- PSMD6
+- RBM47
+- U2SURP
+- WDR43
+- DTX3L
+- POLR2H
+- GNL3
+- SLBP
+- RNF168
+- H2AZ1
+- CDC25A
+- SPRY1
+- C4orf3
+- HMGB2
+- SAP30
+- ANXA5
+- HPGD
+- NAA15
+- ABCE1
+- LSM6
+- MOCS2
+- SLC25A46
+- STARD4
+- WDR41
+- CASP3
+- IL3
+- CSF2
+- SEPTIN8
+- CGAS
+- CITED2
+- SAMD3
+- STK17A
+- PTTG1
+- CDCA7L
+- SYTL3
+- FABP5
+- TAGAP
+- CTSB
+- ADCY1
+- RAD21
+- SLC25A32
+- TP53INP1
+- NFIL3
+- FXN
+- TMEM71
+- HNRNPK
+- DYNLT3
+- MID1IP1
+- CARD19
+- STOML2
+- GJB2
+- ARF6
+- ENTR1
+- ZMYND19
+- DDX21
+- BMS1
+- NSMF
+- PSMC3
+- TC2N
+- CPSF2
+- IFI27
+- ARL5B
+- SMCO4
+- TAF1D
+- GPT2
+- RAB8B
+- NOLC1
+- CCT2
+- PCBD1
+- TPP1
+- IDH3A
+- XRRA1
+- PRKCB
+- HDGFL3
+- SEC11C
+- CENPV
+- HSP90B1
+- BEX3
+- B2M
+- SLFN5
+- PPIB
+- FAM111A
+- PLK1
+- STX3
+- C15orf48
+- SMAD3
+- MAPRE2
+- MARS1
+- C15orf39
+- FBXO22
+- TBC1D2B
+- SNX20
+- CD3D
+- ACAA2
+- RRM1
+- GNG8
+- MVD
+- CDT1
+- TUBA1C
+- RAB4B
+- NFKBID
+- LENG8
+- SPINT2
+- TSR1
+- ANGPTL4
+- CD320
+- PRDX2
+- CD300A
+- TK1
+- MLST8
+- NLRC3
+- FTH1
+- SLC3A2
+- ATG16L2
+- LTBP3
+- RNF187
+- DDIT4
+- RBPJ
+- TTC39C
+- NT5DC2
+- COA6
+- BMI1
+- PXK
+- H1-4
+- TAP1
+- RHOH
+- FEN1
+- STAT3
+- IL7R
+- GFM1
+- TNIP2
+- VAMP5
+- MAT2A
+- MAP2K1
+- ASMTL
+- NSMCE1
+- IL13
+- LMAN2
+- PRELID1
+- CXCL10
+- NMD3
+- B3GALNT1
+- CXCL8
+- CD52
+- PLEKHA2
+- CLIC4
+- GPR183
+- ZEB2
+- CKAP2L
+- BUB1
+- FASN
+- CNBP
+- DUS1L
+- SF3B5
+- IFFO2
+- TMEM154
+- YWHAG
+- ZNF282
+- CRTAP
+- ELP5
+- GABARAP
+- CDK1
+- B3GNT2
+- FOS
+- MGMT
+- MZB1
+- PA2G4
+- PFKFB3
+- ARL6IP1
+- SERPINB9
+- EMB
+- HSPA4
+- GTSF1
+- POLH
+- RIOX2
+- TRIAP1
+- MTSS1
+- GSTA4
+- S1PR1
+- PKIA
+- TMEM126A
+- NETO2
+- JUNB
+- NPTX1
+- FAM98B
+- CHST11
+- CHD7
+- HOPX
+- PPID
+- PTGER4
+- BCL2L1
+- PIK3CD
+- SLC25A33
+- ATF7IP
+- BCL2
+- CTPS1
+- MLLT3
+- RRM2
+- RNASEH1
+- PRNP
+- ZNF217
+- MAL
+- ORMDL3
+- MOB3A
+- KRCC1
+- CYCS
+- SNTB1
+- ISG20
+- CXCR6
+- CEBPB
+- COPRS
+- BPGM
+- RCAN2
+- IL16
+- CTSW
+- RASGRP1
+- KLHL6
+- TMEM134
+- ZMAT3
+- THEMIS
+- SLFN11
+- RAB37
+- DHCR7
+- GRK2
+- HPSE
+- LRRN3
+- NOC3L
+- PARP14
+- CKS1B
+- ABCD2
+- GLRX
+- NAA20
+- MICOS10
+- EHBP1L1
+- VEGFB
+- GMPPB
+- CHD2
+- PSMD1
+- HEG1
+- AGFG1
+- STAT5B
+- CD7
+- RNF213
+- GPR160
+- GOLIM4
+- ATP2A2
+- AKIRIN1
+- RESF1
+- FAM241A
+- ODAPH
+- GPR171
+- DDIT3
+- CKAP5
+- SMAD2
+- TBC1D10C
+- UCP2
+- CCDC85B
+- MTLN
+- TOMM5
+- LINC02694
+- RUVBL1
+- YES1
+- TMEM39A
+- SMIM19
+- SYNE3
+- B3GNT5
+- MEX3C
+- METRNL
+- WSB2
+- TYMS
+- MTX3
+- FAM210A
+- RIMKLA
+- PUS1
+- SAMD9L
+- ZBED2
+- ATOX1
+- JUN
+- CSTF2T
+- AGTRAP
+- AP3S1
+- IMPDH2
+- NDUFV2
+- ZC3H12D
+- PLEC
+- CD28
+- MAF
+- ERN1
+- GPR35
+- GRINA
+- MPI
+- TUFM
+- AURKB
+- RRS1
+- CYC1
+- PER1
+- FARSA
+- GIMAP7
+- CALR
+- GADD45GIP1
+- EGR3
+- PCED1B
+- APOBEC3B
+- CCR8
+- PUF60
+- DCTPP1
+- RCC1
+- FUT7
+- MB21D2
+- PRF1
+- SHISA2
+- AEN
+- SIAH2
+- RELL1
+- TIGIT
+- COA4
+- RTKN2
+- IDH2
+- ERCC6L2
+- P2RY8
+- PLCXD1
+- NPLOC4
+- TSHZ2
+- KPNA2
+- FES
+- GLRX5
+- MXRA7
+- SATB1
+- ANXA2
+- LCK
+- C11orf54
+- PYCR1
+- NAA38
+- RUVBL2
+- PTTG1IP
+- DAZAP2
+- BCOR
+- PMCH
+- SF3A3
+- TENT5C
+- PSMG1
+- ALYREF
+- RFLNB
+- UPP1
+- CBX6
+- TBL3
+- SLC35F3
+- CCR4
+- UTY
+- SH2D1A
+- PRKX
+- ACTG1
+- UBE2F
+- PGP
+- IRAK1
+- CMSS1
+- H1-5
+- CSF1
+- SOCS3
+- XPOT
+- STING1
+- PDE4B
+- NELL2
+- SEPTIN9
+- CDCA2
+- H1-10
+- FMNL1
+- USP18
+- SIGIRR
+- IFITM2
+- PRMT3
+- IL3RA
+- SOCS1
+- ATP6V0A2
+- SP140L
+- GPRIN3
+- IKZF1
+- EVI2B
+- ZNF267
+- RASA3
+- CYP2R1
+- POLR1D
+- ZNRF1
+- GPAT2
+- RXRA
+- ANKRD37
+- KPNA4
+- GNG2
+- BTN3A2
+- INSIG1
+- ARAP1
+- BCR
+- CXCR3
+- TNFRSF4
+- TNFRSF18
+- FNBP1
+- ISG15
+- SEMA4D
+- H1-2
+- EIF4EBP1
+- ARL4C
+- TUBB4B
+- SELL
+- H2AX
+- NBR1
+- PTAR1
+- PARVB
+- UROS
+- SMIM15
+- CALHM6
+- HACD4
+- FAM111B
+- H1-0
+- LITAF
+- MAOA
+- KIAA0408
+- IL1RAP
+- SPATS2L
+- S100A4
+- TMEM63A
+- TUBB
+- IARS1
+- GIMAP5
+- CD55
+- LONP1
+- EVL
+- YRDC
+- PLXNB2
+- TRAPPC4
+- HSH2D
+- ADA
+- ARID5A
+- FLNA
+- FAM3C
+- FUT11
+- H4C3
+- LRRC8B
+- PSMD12
+- TBC1D9B
+- PELI1
+- GSTK1
+- HNRNPAB
+- SPN
+- RPF2
+- GZMM
+- SIPA1L1
+- CDC42SE1
+- DPP4
+- S100A10
+- ATAD3A
+- ERO1A
+- PLCG2
+- S100A6
+- ZNF121
+- MAK16
+- SFI1
+- TFDP1
+- HSD17B11
+- OGA
+- TXNRD1
+- LRBA
+- CCDC69
+- STK39
+- EIF1AY
+- MT-ND6
+- MT-CO2
+- MT-CYB
+- F5
+- SLC5A3
+- RCSD1
+- MT-CO1
+- PNP
+- SFT2D1
+- CD247
+- ARHGAP11A
+- MT-ND3
+- CD3E
+- OSTC
+- SFMBT2
+- MT-ND4
+- CAPZA2
+- MT-ATP6
+- APRT
+- CCDC167
+- MT-CO3
+- PJA2
+- INF2
+- TMEM273
+- PFDN6
+- TAP2
+- SNHG32
+- HSPA1B
+- VARS1
+- AIF1
+- CFAP95
+- FAM216A
+- MZT1
+- CCNI2
+- E2F4
+- PDE7A
+- ADGRG1
+- TMSB4X
+- RNPS1
+- JPT2
+- TRBC1
+- TRBC2
+- TRDC
+- IGHM
+- MT-ND4L
+- SFT2D2
+- CRIP1
+- GIMAP1
+- CHUK
+- ARHGAP19
+- ARL2
+- STIMATE
+- VDAC1
+- LBH
+- GPSM3
+- LAT
+- CPNE1
+- SMIM30
+- FIS1
+- SOGA3
+- IFRD2
+- TOMM6
+- GOLGA8B
+- TSTD1
+- IFI30
+- CKLF
+- PAM16
+- PPP2R2A
+- APOL6
+- NDUFAF8
+- NOL7
+- LTA
+- WDR46
+- TRGC2
+- LTB
+- FAM174C
+- DHFR
+- TAPBP
+- TNF
+- C12orf75
+- SMIM27
+- KIFC1
+- TXNDC5
+- NME1
+- TNFSF12
+- APOBEC3G
+- ADSL
+- PSMB9
+- PPIL3
+- MIF
+- ARFGAP3
+- EIF6
+- GNG10
+- IL10RB
+- P2RY11
+- APOBEC3C
+- H2AJ
+- PGAM5
+- BCKDHA
+- LYN
+- EID1
+- SMIM3
+- DENND11
+- CNPY2
+- C17orf49
+- BOP1
+- PECAM1
+- TIMM23
+- TXNIP
+- CCL5
+- KMT2B
+- SYNRG
+- CCL4
+- H2BC9
+- UHRF1
+- CCL4L2
+- CCL3
+- TRAC
+- ARHGAP11B
+batch_size: 64
+gene_dim: 2001
+hvg_dim: 2001
+decoder_cfg:
+  latent_dim: 2001
+  gene_dim: 2001
+  hidden_dims:
+  - 1024
+  - 1024
+  - 512
+  dropout: 0.1
+  residual_decoder: false
+cell_set_len: 64
+blur: 0.05
+loss: energy
+confidence_token: true
+n_encoder_layers: 1
+n_decoder_layers: 1
+softplus: true
+freeze_pert_backbone: false
+transformer_decoder: false
+finetune_vci_decoder: false
+residual_decoder: false
+batch_encoder: true
+use_batch_token: false
+mask_attn: false
+n_refine_rounds: 6
+halt_tau: 0.05
+halt_alpha: 0.5
+halt_beta: 0.1
+halt_gamma: 0.1
+halt_warmup_steps: 2000
+halt_magnitude_free: true
+confidence_weight: 0.01
+confidence_target_scale: 10.0
+use_effect_gating_token: false
+init_from: null
+mmd_num_chunks: 1
+randomize_mmd_chunks: false
+llm_name: null
+lora:
+  enable: false
+  r: 16
+  alpha: 32
+  dropout: 0.05
+  bias: none
+  target: auto
+  adapt_mlp: false
+  task_type: FEATURE_EXTRACTION
+  merge_on_eval: false
+wandb_track: true
+weight_decay: 0.0005
+max_steps: 15000
+train_seed: 42
+val_freq: 1000
+ckpt_every_n_steps: 1000
+gradient_clip_val: 10
+gradient_accumulation_steps: 1
+devices: 1
+strategy: auto
+use_mfu: false
+mfu_kwargs:
+  available_flops: 60000000000000.0
+  use_backward: true
+  logging_interval: 10
+  window_size: 2
+cumulative_flops_use_backward: true
+basal_mapping_strategy: random
+predict_residual: true
+distributional_loss: energy
+transformer_backbone_key: llama
+transformer_backbone_kwargs:
+  bidirectional_attention: true
+  max_position_embeddings: 64
+  hidden_size: 336
+  intermediate_size: 3072
+  num_hidden_layers: 8
+  num_attention_heads: 12
+  num_key_value_heads: 12
+  head_dim: 28
+  use_cache: false
+  attention_dropout: 0.0
+  hidden_dropout: 0.0
+  layer_norm_eps: 1.0e-06
+  pad_token_id: 0
+  bos_token_id: 1
+  eos_token_id: 2
+  tie_word_embeddings: false
+  rotary_dim: 0
+  use_rotary_embeddings: false