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02ff7d5
·
1 Parent(s): b431be7

PDF panel: link out (new tab) and use trial_id directly as document id

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- Drop the inline base64 embed entirely (kills lag) — just open-in-new-tab
links to sap.pdf / protocol.pdf.
- Use the entered trial_id directly as the document id (e.g. 10.1200_jco.22.01989),
removing the ambiguous NCT->document mapping.
- Remove now-unused assets/nct_to_docs.json and the base64/iframe/map code.

Files changed (3) hide show
  1. README.md +5 -4
  2. app.py +19 -62
  3. assets/nct_to_docs.json +0 -4551
README.md CHANGED
@@ -15,10 +15,11 @@ A Streamlit intake form for trial statisticians. Submissions are saved to a **Hu
15
 
16
  ## What it does
17
 
18
- - **Reference PDF panel** — a wide two-column layout shows the trial's SAP /
19
- protocol PDF on the left (resolved from the entered `trial_id` via
20
- `assets/nct_to_docs.json`, served from the public `trialdesignbench/source`
21
- dataset) so the statistician can read it while filling the form on the right.
 
22
  - **Form (`app.py`)** — statisticians enter `trial_id`, `username`, and a list of questions. Each question has:
23
  - `design_element` (dropdown — when "Others" is picked, a free-text input appears)
24
  - `question_type` (dropdown — `extraction_only` / `derivation_required`)
 
15
 
16
  ## What it does
17
 
18
+ - **Reference PDF panel** — a wide two-column layout shows, on the left,
19
+ open-in-new-tab links to the document's `sap.pdf` / `protocol.pdf` in the
20
+ public `trialdesignbench/source` dataset. The entered `trial_id` is used
21
+ directly as the document id (e.g. `10.1200_jco.22.01989`), so there's no
22
+ ambiguous NCT→document mapping.
23
  - **Form (`app.py`)** — statisticians enter `trial_id`, `username`, and a list of questions. Each question has:
24
  - `design_element` (dropdown — when "Others" is picked, a free-text input appears)
25
  - `question_type` (dropdown — `extraction_only` / `derivation_required`)
app.py CHANGED
@@ -19,10 +19,8 @@ the one-rerun-lag ("type twice") bug that comes from mixing value= with key=.
19
  from __future__ import annotations
20
 
21
  import json
22
- from pathlib import Path
23
 
24
  import streamlit as st
25
- import streamlit.components.v1 as components
26
 
27
  from lib.schema import DESIGN_ELEMENTS, QUESTION_TYPES, rubrics_for_type
28
  from lib.storage import (
@@ -280,15 +278,6 @@ def _render_review_lines(reviews: list) -> None:
280
 
281
  # ------------- PDF reference panel ---------------------------------------
282
 
283
- @st.cache_data(show_spinner=False)
284
- def _load_nct_map() -> dict:
285
- p = Path(__file__).parent / "assets" / "nct_to_docs.json"
286
- try:
287
- return json.loads(p.read_text(encoding="utf-8"))
288
- except Exception:
289
- return {}
290
-
291
-
292
  def _pdf_url(doc: str, kind: str) -> str:
293
  return (
294
  f"https://huggingface.co/datasets/{SOURCE_REPO}"
@@ -296,63 +285,31 @@ def _pdf_url(doc: str, kind: str) -> str:
296
  )
297
 
298
 
299
- @st.cache_data(show_spinner=False)
300
- def _fetch_pdf(url: str) -> bytes:
301
- import requests
302
-
303
- r = requests.get(url, timeout=60)
304
- r.raise_for_status()
305
- return r.content
306
-
307
-
308
- @st.cache_data(show_spinner=False)
309
- def _pdf_b64(url: str) -> str:
310
- import base64
311
-
312
- return base64.b64encode(_fetch_pdf(url)).decode("ascii")
313
-
314
-
315
  def render_pdf_panel() -> None:
316
- """Left-hand panel: show the trial's SAP / protocol PDF for reference.
317
 
318
- The PDF is fetched server-side and embedded as a base64 data: URI — we do
319
- NOT iframe huggingface.co directly, because HF sends X-Frame-Options and
320
- Chrome blocks that ("This page has been blocked by Chrome").
 
321
  """
322
  st.markdown("#### 📄 Reference document")
323
- trial_id = st.session_state.get("trial_id", "").strip()
324
- if not trial_id:
325
- st.caption("Enter a trial_id (on the right) to load its SAP / protocol PDF.")
326
- return
327
- docs = _load_nct_map().get(trial_id, [])
328
- if not docs:
329
- st.caption(f"No source document is mapped for `{trial_id}`.")
330
- manual = st.text_input("Document id (DOI folder), if you know it", key="pdf_manual_doc")
331
- if not manual.strip():
332
- return
333
- docs = [manual.strip()]
334
- doc = docs[0] if len(docs) == 1 else st.selectbox("Document", docs, key="pdf_doc")
335
- kind = st.radio("File", ["sap", "protocol"], horizontal=True, key="pdf_kind")
336
- url = _pdf_url(doc, kind)
337
- st.markdown(f"[Open {kind}.pdf in a new tab ↗]({url})")
338
-
339
- try:
340
- b64 = _pdf_b64(url)
341
- except Exception as e:
342
- st.warning(f"Could not load this PDF ({e}). Use the link above.")
343
  return
344
-
345
- components.html(
346
- f'<iframe src="data:application/pdf;base64,{b64}" '
347
- f'width="100%" height="820" style="border:1px solid #ddd;"></iframe>',
348
- height=840,
349
- )
350
- st.download_button(
351
- f"Download {kind}.pdf",
352
- data=_fetch_pdf(url),
353
- file_name=f"{doc}__{kind}.pdf",
354
- mime="application/pdf",
355
  )
 
356
 
357
 
358
  # ------------- form ------------------------------------------------------
 
19
  from __future__ import annotations
20
 
21
  import json
 
22
 
23
  import streamlit as st
 
24
 
25
  from lib.schema import DESIGN_ELEMENTS, QUESTION_TYPES, rubrics_for_type
26
  from lib.storage import (
 
278
 
279
  # ------------- PDF reference panel ---------------------------------------
280
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
281
  def _pdf_url(doc: str, kind: str) -> str:
282
  return (
283
  f"https://huggingface.co/datasets/{SOURCE_REPO}"
 
285
  )
286
 
287
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
288
  def render_pdf_panel() -> None:
289
+ """Left-hand panel: links to the document's SAP / protocol PDF.
290
 
291
+ The entered trial_id is used directly as the document id (e.g.
292
+ ``10.1200_jco.22.01989``) so there's no ambiguous NCT->document mapping.
293
+ We only link out (open in a new tab) — embedding HF PDFs inline is blocked
294
+ by X-Frame-Options and re-sending bytes made the form laggy.
295
  """
296
  st.markdown("#### 📄 Reference document")
297
+ doc = st.session_state.get("trial_id", "").strip()
298
+ if not doc:
299
+ st.caption(
300
+ "Enter the document id as the trial_id "
301
+ "(e.g. `10.1200_jco.22.01989`) to get its PDF links."
302
+ )
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
303
  return
304
+ sap_url = _pdf_url(doc, "sap")
305
+ proto_url = _pdf_url(doc, "protocol")
306
+ st.markdown(
307
+ f'<a href="{sap_url}" target="_blank" rel="noopener">📄 Open sap.pdf in a new tab ↗</a>'
308
+ "<br>"
309
+ f'<a href="{proto_url}" target="_blank" rel="noopener">📄 Open protocol.pdf in a new tab ↗</a>',
310
+ unsafe_allow_html=True,
 
 
 
 
311
  )
312
+ st.caption(f"Document: `{doc}`")
313
 
314
 
315
  # ------------- form ------------------------------------------------------
assets/nct_to_docs.json DELETED
@@ -1,4551 +0,0 @@
1
- {
2
- "NCT00001406, NCT02130882": [
3
- "10.1056_nejmoa1812185"
4
- ],
5
- "NCT00004124": [
6
- "10.1200_jco.2017.76.4126"
7
- ],
8
- "NCT00063882": [
9
- "10.1200_jco.22.01856"
10
- ],
11
- "NCT00066690": [
12
- "10.1056_nejmoa1412379",
13
- "10.1200_jco.22.01065",
14
- "10.1200_jco.2015.64.8675"
15
- ],
16
- "NCT00066690, NCT00066703": [
17
- "10.1056_nejmoa1803164"
18
- ],
19
- "NCT00066703, NCT00066690": [
20
- "10.1200_jco.22.01064"
21
- ],
22
- "NCT00108745": [
23
- "10.1200_jco.22.00146"
24
- ],
25
- "NCT00116142": [
26
- "10.1200_jco.23.02394",
27
- "10.1200_jco.21.00596"
28
- ],
29
- "NCT00118209": [
30
- "10.1200_jco.18.01994"
31
- ],
32
- "NCT00135226": [
33
- "10.1056_nejmoa1804989",
34
- "10.1056_nejmoa1804988"
35
- ],
36
- "NCT00179777": [
37
- "10.1001_jama.2017.19826"
38
- ],
39
- "NCT00295620": [
40
- "10.1056_nejmoa2104162"
41
- ],
42
- "NCT00310180": [
43
- "10.1056_nejmoa1904819",
44
- "10.1056_nejmoa1804710",
45
- "10.1056_nejmoa1510764"
46
- ],
47
- "NCT00323960": [
48
- "10.1016_s0140-6736(15)01021-1"
49
- ],
50
- "NCT00408005": [
51
- "10.1200_jco.20.00256",
52
- "10.1200_jco.20.00531",
53
- "10.1200_jco.2018.77.7250"
54
- ],
55
- "NCT00418457": [
56
- "10.1016_s0140-6736(19)32313-x"
57
- ],
58
- "NCT00430183": [
59
- "10.1200_jco.20.00315"
60
- ],
61
- "NCT00433511": [
62
- "10.1200_jco.2018.79.2028"
63
- ],
64
- "NCT00445601": [
65
- "10.1001_jama.2018.4657"
66
- ],
67
- "NCT00515411": [
68
- "10.1200_jco.2015.60.7465"
69
- ],
70
- "NCT00539643": [
71
- "10.1200_jco.2015.64.0821"
72
- ],
73
- "NCT00542451": [
74
- "10.1200_jco.19.00066"
75
- ],
76
- "NCT00556374": [
77
- "10.1016_s0140-6736(15)60995-3"
78
- ],
79
- "NCT00556842": [
80
- "10.1056_nejmoa1906190"
81
- ],
82
- "NCT00565851": [
83
- "10.1056_nejmoa1902626"
84
- ],
85
- "NCT00567567": [
86
- "10.1001_jama.2019.11642"
87
- ],
88
- "NCT00567580": [
89
- "10.1016_s0140-6736(21)01790-6"
90
- ],
91
- "NCT00588770": [
92
- "10.1200_jco.19.00555"
93
- ],
94
- "NCT00628251, NCT02282020": [
95
- "10.1200_jco.19.02745"
96
- ],
97
- "NCT00632853": [
98
- "10.1200_jco.22.01359"
99
- ],
100
- "NCT00687882": [
101
- "10.1001_jama.2021.23182"
102
- ],
103
- "NCT00703820": [
104
- "10.1200_jco.19.00327"
105
- ],
106
- "NCT00722137": [
107
- "10.1056_nejmoa1412096"
108
- ],
109
- "NCT00738894": [
110
- "10.1056_nejmoa1707404"
111
- ],
112
- "NCT00756600": [
113
- "10.1016_s0140-6736(18)32485-1",
114
- "10.1016_s0140-6736(15)00608-x"
115
- ],
116
- "NCT00819208": [
117
- "10.1056_nejmoa2502760"
118
- ],
119
- "NCT00867048": [
120
- "10.1056_nejmoa1506816"
121
- ],
122
- "NCT00906997": [
123
- "10.1016_s0140-6736(25)00145-x"
124
- ],
125
- "NCT00911508": [
126
- "10.1001_jama.2019.0693",
127
- "10.1001_jama.2019.0692"
128
- ],
129
- "NCT00915005": [
130
- "10.1200_jco.2017.74.0720"
131
- ],
132
- "NCT00923013": [
133
- "10.1200_jco.19.02250"
134
- ],
135
- "NCT00942331": [
136
- "10.1200_jco.21.00286"
137
- ],
138
- "NCT00942357": [
139
- "10.1056_nejmoa1813181",
140
- "10.1200_jco.24.01121"
141
- ],
142
- "NCT00954174": [
143
- "10.1200_jco.21.02050"
144
- ],
145
- "NCT00956007": [
146
- "10.1200_jco-24-01829"
147
- ],
148
- "NCT00958633": [
149
- "10.1056_nejmoa2300184"
150
- ],
151
- "NCT00985205": [
152
- "10.1056_nejmoa2203364"
153
- ],
154
- "NCT00987389": [
155
- "10.1056_nejmoa1803537"
156
- ],
157
- "NCT00991029": [
158
- "10.1056_nejmoa1800410"
159
- ],
160
- "NCT01030861": [
161
- "10.1056_nejmoa1902226"
162
- ],
163
- "NCT01032629, NCT01989754": [
164
- "10.1056_nejmoa1611925"
165
- ],
166
- "NCT01044628": [
167
- "10.1056_nejmoa2013219"
168
- ],
169
- "NCT01064648": [
170
- "10.1200_jco.19.00269"
171
- ],
172
- "NCT01101035": [
173
- "10.1056_nejmoa1710895"
174
- ],
175
- "NCT01101438": [
176
- "10.1001_jama.2022.6147",
177
- "10.1200_jco.23.00296"
178
- ],
179
- "NCT01107626": [
180
- "10.1200_jco.19.01006"
181
- ],
182
- "NCT01120249": [
183
- "10.1016_s0140-6736(23)00913-3"
184
- ],
185
- "NCT01124838, NCT01148225": [
186
- "10.1016_s0140-6736(16)31339-3"
187
- ],
188
- "NCT01144338": [
189
- "10.1056_nejmoa1612917"
190
- ],
191
- "NCT01150045": [
192
- "10.1001_jama.2021.2454",
193
- "10.1200_jco.22.01637"
194
- ],
195
- "NCT01151423": [
196
- "10.1056_nejmoa1505533"
197
- ],
198
- "NCT01169259": [
199
- "10.1056_nejmoa1811403",
200
- "10.1056_nejmoa1809944"
201
- ],
202
- "NCT01169259, NCT01696435": [
203
- "10.1001_jama.2021.21187",
204
- "10.1001_jama.2020.10224"
205
- ],
206
- "NCT01169337": [
207
- "10.1200_jco.19.01740"
208
- ],
209
- "NCT01180036": [
210
- "10.1056_nejmoa1814427"
211
- ],
212
- "NCT01190930": [
213
- "10.1200_jco.20.00494"
214
- ],
215
- "NCT01191840": [
216
- "10.1001_jama.2018.13155"
217
- ],
218
- "NCT01194570": [
219
- "10.1056_nejmoa1606468"
220
- ],
221
- "NCT01205776": [
222
- "10.1056_nejmoa1909406",
223
- "10.1056_nejmoa1610227"
224
- ],
225
- "NCT01206062": [
226
- "10.1056_nejmoa1901281",
227
- "10.1056_nejmoa1611179",
228
- "10.1056_nejmoa1511939",
229
- "10.1001_jama.2019.10551",
230
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548
- ],
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551
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553
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559
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560
- ],
561
- "NCT01776840": [
562
- "10.1056_nejmoa2201817"
563
- ],
564
- "NCT01777022": [
565
- "10.1016_s0140-6736(18)31543-5"
566
- ],
567
- "NCT01777152": [
568
- "10.1016_s0140-6736(18)32984-2"
569
- ],
570
- "NCT01782131": [
571
- "10.1016_s0140-6736(21)00219-1"
572
- ],
573
- "NCT01783704": [
574
- "10.1001_jama.2019.12964"
575
- ],
576
- "NCT01785264": [
577
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578
- ],
579
- "NCT01794143": [
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581
- "10.1056_nejmoa2200433"
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- ],
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- ],
586
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- "10.1016_s0140-6736(17)32146-3"
588
- ],
589
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- ],
592
- "NCT01808118": [
593
- "10.1016_s0140-6736(18)31362-x"
594
- ],
595
- "NCT01808573": [
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597
- ],
598
- "NCT01809691": [
599
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600
- ],
601
- "NCT01817166": [
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603
- ],
604
- "NCT01818427": [
605
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606
- ],
607
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608
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609
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610
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611
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921
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933
- "NCT02075203": [
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936
- "NCT02075840": [
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939
- "NCT02076113": [
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955
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- "NCT02104817": [
966
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- ],
968
- "NCT02106975": [
969
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970
- ],
971
- "NCT02107703": [
972
- "10.1200_jco.2017.73.7585"
973
- ],
974
- "NCT02111564": [
975
- "10.1056_nejmoa1805090"
976
- ],
977
- "NCT02112916": [
978
- "10.1200_jco.21.02678"
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- ],
980
- "NCT02115282": [
981
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- ],
983
- "NCT02120352": [
984
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985
- ],
986
- "NCT02125461": [
987
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- "10.1056_nejmoa1709937",
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1353
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1354
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1355
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- ],
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- "NCT02562040": [
1622
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1623
- ],
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1629
- ],
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- "NCT02564263": [
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1649
- ],
1650
- "NCT02577549": [
1651
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1652
- ],
1653
- "NCT02578680": [
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1655
- "10.1200_jco.22.01989",
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1657
- ],
1658
- "NCT02586155": [
1659
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1660
- ],
1661
- "NCT02586415": [
1662
- "10.1056_nejmoa1713973"
1663
- ],
1664
- "NCT02586805": [
1665
- "10.1001_jama.2018.16773"
1666
- ],
1667
- "NCT02587351": [
1668
- "10.1056_nejmoa1908142"
1669
- ],
1670
- "NCT02587936": [
1671
- "10.1056_nejmoa2311708"
1672
- ],
1673
- "NCT02592434": [
1674
- "10.1016_s0140-6736(21)01255-1"
1675
- ],
1676
- "NCT02593110": [
1677
- "10.1001_jama.2022.16797"
1678
- ],
1679
- "NCT02596126": [
1680
- "10.1056_nejmoa2208275"
1681
- ],
1682
- "NCT02597127": [
1683
- "10.1056_nejmoa1615758"
1684
- ],
1685
- "NCT02597348": [
1686
- "10.1016_s0140-6736(24)01595-2"
1687
- ],
1688
- "NCT02597933": [
1689
- "10.1056_nejmoa1903076"
1690
- ],
1691
- "NCT02598661": [
1692
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1693
- "10.1200_jco-25-01369"
1694
- ],
1695
- "NCT02603432": [
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- "10.1200_jco.22.01792"
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- ],
1699
- "NCT02604433": [
1700
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1701
- ],
1702
- "NCT02606461": [
1703
- "10.1200_jco.21.01829"
1704
- ],
1705
- "NCT02607865": [
1706
- "10.1001_jama.2019.2942"
1707
- ],
1708
- "NCT02607930": [
1709
- "10.1016_s0140-6736(17)32299-7"
1710
- ],
1711
- "NCT02607956": [
1712
- "10.1016_s0140-6736(17)32340-1"
1713
- ],
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1986
- "NCT02811432": [
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1988
- ],
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1995
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- "NCT02819518": [
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1999
- ],
2000
- "NCT02819635, NCT03653026": [
2001
- "10.1016_s0140-6736(22)00581-5"
2002
- ],
2003
- "NCT02822573": [
2004
- "10.1200_jco.23.01100"
2005
- ],
2006
- "NCT02828020": [
2007
- "10.1056_nejmoa1813049"
2008
- ],
2009
- "NCT02831673, NCT02831764": [
2010
- "10.1016_s0140-6736(18)32462-0"
2011
- ],
2012
- "NCT02833948": [
2013
- "10.1056_nejmoa1911426"
2014
- ],
2015
- "NCT02841280": [
2016
- "10.1056_nejmoa2110730"
2017
- ],
2018
- "NCT02842086": [
2019
- "10.1016_s0140-6736(20)31065-5"
2020
- ],
2021
- "NCT02846545": [
2022
- "10.1056_nejmoa2006136"
2023
- ],
2024
- "NCT02847598": [
2025
- "10.1056_nejmoa2118025",
2026
- "10.1056_nejmoa2118024"
2027
- ],
2028
- "NCT02847637": [
2029
- "10.1056_nejmoa1803550"
2030
- ],
2031
- "NCT02848092": [
2032
- "10.1056_nejmoa2204783"
2033
- ],
2034
- "NCT02853331": [
2035
- "10.1056_nejmoa1816714"
2036
- ],
2037
- "NCT02858076": [
2038
- "10.1001_jama.2020.23027"
2039
- ],
2040
- "NCT02861534": [
2041
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2042
- ],
2043
- "NCT02861586": [
2044
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2045
- ],
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2047
- "10.1016_s0140-6736(19)31271-1"
2048
- ],
2049
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2050
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- ],
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- ],
2055
- "NCT02866175": [
2056
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- ],
2058
- "NCT02867709": [
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- ],
2061
- "NCT02867761": [
2062
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- ],
2064
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2065
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- ],
2067
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2069
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2070
- "10.1200_jco.23.00170"
2071
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2072
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- ],
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- ],
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- "10.1001_jama.2022.22625"
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- ],
2425
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- ],
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- ],
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- ],
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- ],
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- ],
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- "NCT03360539": [
2738
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- ],
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2741
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- ],
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- "NCT03364491": [
2744
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2745
- ],
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- "NCT03365882": [
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- ],
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- "NCT03367403": [
2750
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2751
- ],
2752
- "NCT03370133": [
2753
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2754
- ],
2755
- "NCT03374800": [
2756
- "10.1056_nejmoa2404245"
2757
- ],
2758
- "NCT03375320": [
2759
- "10.1056_nejmoa2403991"
2760
- ],
2761
- "NCT03377491": [
2762
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2763
- ],
2764
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2765
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2766
- ],
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- ],
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- "NCT03387813": [
2771
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2772
- ],
2773
- "NCT03387852": [
2774
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2775
- ],
2776
- "NCT03389555": [
2777
- "10.1001_jama.2020.11946"
2778
- ],
2779
- "NCT03390504": [
2780
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2781
- ],
2782
- "NCT03390842": [
2783
- "10.1016_s0140-6736(19)31388-1"
2784
- ],
2785
- "NCT03391466": [
2786
- "10.1056_nejmoa2301665",
2787
- "10.1056_nejmoa2116133"
2788
- ],
2789
- "NCT03393975": [
2790
- "10.1056_nejmoa2314793"
2791
- ],
2792
- "NCT03395197": [
2793
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2794
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2795
- "10.1016_s0140-6736(23)01055-3"
2796
- ],
2797
- "NCT03396432": [
2798
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- ],
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- ],
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- "NCT03581123": [
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- ],
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- ],
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- ],
3085
- "NCT03594110": [
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- ],
3089
- "NCT03600818": [
3090
- "10.1056_nejmoa2303452"
3091
- ],
3092
- "NCT03607422, NCT03569293": [
3093
- "10.1016_s0140-6736(21)00588-2"
3094
- ],
3095
- "NCT03609944": [
3096
- "10.1001_jama.2025.23988"
3097
- ],
3098
- "NCT03611582": [
3099
- "10.1001_jama.2021.1831"
3100
- ],
3101
- "NCT03614494": [
3102
- "10.1016_s0140-6736(23)01240-0"
3103
- ],
3104
- "NCT03615326": [
3105
- "10.1016_s0140-6736(23)02033-0"
3106
- ],
3107
- "NCT03616912": [
3108
- "10.1016_s0140-6736(22)02607-1"
3109
- ],
3110
- "NCT03616964": [
3111
- "10.1016_s0140-6736(22)02546-6"
3112
- ],
3113
- "NCT03619213": [
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- ],
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3117
- "10.1016_s0140-6736(22)00018-6"
3118
- ],
3119
- "NCT03631199": [
3120
- "10.1200_jco.23.00980"
3121
- ],
3122
- "NCT03635567": [
3123
- "10.1056_nejmoa2112435"
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- ],
3125
- "NCT03635983": [
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- ],
3128
- "NCT03638258": [
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- ],
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- ],
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- ],
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- ],
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- ],
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- ]
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- }