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language:
- en
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pretty_name: Sepsis Omics & Clinical Data Collection (脓毒症)
tags:
- sepsis
- biology
- omics
- transcriptomics
- proteomics
- metabolomics
- single-cell
- clinical-trials
size_categories:
- n<1K
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# 脓毒症 (Sepsis) 公共组学与临床数据集合

**冻结快照 · 2026-06-20 · 共 500 个数据集 · 7.4 GB · 全部带文件、信息卡与元数据**

本仓库系统收集与**脓毒症 / 败血症 / 脓毒性休克 / 菌血症 / 内毒素血症 / SIRS** 相关的公开数据，
覆盖转录组、单细胞、空间转录组、蛋白质组、代谢组、外泌体、微生物组、表观（甲基化/染色质）以及
临床试验与药物数据。检索关键词：`sepsis, septic shock, septicemia, septicaemia, bacteremia, endotoxemia, SIRS`。

## 数据来源
| 数据库 | 数据集数 |
|---|---|
| GEO | 133 |
| ClinicalTrials.gov | 121 |
| ArrayExpress/BioStudies | 108 |
| PRIDE/ProteomeXchange | 75 |
| Metabolomics Workbench | 38 |
| MetaboLights | 25 |

## 数据类型
| 类型 | 数据集数 |
|---|---|
| 转录组 | 199 |
| 单细胞组 | 20 |
| 空间转录组 | 1 |
| 蛋白质组 | 76 |
| 代谢组 | 63 |
| 外泌体组 | 3 |
| 微生物组 | 5 |
| 表观组 | 12 |
| 临床与药物 | 121 |

## 目录结构
```
脓毒症/
├── README.md                # 本说明（数据卡）
├── registry.csv             # 全量登记表（500 行，权威清单）
├── registry.xlsx            # 同上 Excel 版
├── 转录组/<来源>_<登记号>/   # 例: 转录组/geo_GSE154918/
│     ├── card.md            # 信息卡（标题/物种/样本/年份/文件/分析建议）
│     ├── metadata.json      # 结构化元数据
│     └── <数据文件…>         # 处理矩阵 / 数据表 / 研究记录
├── 单细胞组/… 蛋白质组/… 代谢组/… 临床与药物/… 等
```

## 下载层级（registry 的「下载层级」列）
- **处理数据+元数据**（326 个）：已镜像可直接分析的处理矩阵/数据表 + 元数据。
- **完整记录**（121 个）：临床试验完整结构化 JSON（入组/干预药物/结局/分期）。
- **元数据+清单**（53 个）：原始文件体积过大（如蛋白质组 .raw、大 h5ad），未整盘镜像，
  但 `card.md` 内含**逐文件直链 + 大小**，可按需获取。

## 使用示例
```python
from huggingface_hub import hf_hub_download, snapshot_download
# 取全量登记表
csv = hf_hub_download("wei82/sepsis-omics-datasets", "脓毒症/registry.csv", repo_type="dataset")
# 取单个数据集（如某转录组）
d = snapshot_download("wei82/sepsis-omics-datasets", repo_type="dataset",
                      allow_patterns="脓毒症/转录组/geo_GSE154918/*")
```

## 说明
- 物种以人、小鼠为主，并含大肠杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等病原体；年份 1999–2027。
- 数据版权归各原始提交者，使用请遵循 GEO / ArrayExpress / PRIDE / MetaboLights / Metabolomics Workbench /
  ClinicalTrials.gov 各自的许可与引用要求；每个 `card.md` 均给出原始页面链接。
- 本快照已停止自动更新（采集循环已关闭）。